消化营养科是中国妇幼保健协会儿童营养标准与规范培训基地，2022年获批福建省“省级临床重点专科”，目前开放床位30张。
消化营养科拥有独立病区、消化内镜中心及营养诊疗中心，秉持“温心、舒心、安心”的服务理念，致力于儿童幽门螺杆菌感染，慢性腹痛、呕吐、炎症性肠病、胆汁淤积症等儿童胃肠、肝胆胰疾病、过敏性疾病（食物过敏、牛奶蛋白过敏等）、营养性疾病（营养不良、肥胖、代谢遗传病营养、重症营养支持等）及各种危重疑难病症诊治，建立标准化营养相关疾病诊治流程，规范肠内、肠外营养管理，设立了胃肠、肝胆胰、过敏及营养等专病门诊。
消化内镜中心每年完成各类胃肠镜检查及治疗近1500例，其中三、四级手术占比47%。擅长新生儿胃肠镜、消化道异物钳取、胃肠道息肉切除、消化道出血内镜下治疗、食管狭窄内镜下扩张、内镜下经皮胃造瘘术、内镜下鼻空肠管置管术、食管气管瘘及梨状窝瘘内镜下封堵术等操作，同时常规开展13C呼气试验、24小时PH/阻抗监测、食管/直肠测压、胃肠电图、胃肠动力生物反馈治疗等项目。
上海儿童医学中心消化科邓朝晖教授任学术主任，科室现有各级医师19人，营养师3人，其中主任医师1人，副主任医师2人，主治医师7人，硕士生导师2人，研究生14人，研究生学历占73.6%。
（*以上数据统计至2023年11月）
