感染科对儿童发热待查、淋巴结肿大待查、疑难复杂感染性疾病以及感染性腹泻、支气管肺炎、百日咳、手足口病、软组织感染等常见感染、传染性疾病具有丰富的临床诊疗验，开展宏基因病原检测技术。与呼吸、风湿、血液等多学科合作，为儿童疑难复杂感染性疾病提供有效治疗。在承担社会责任方面，感染科是福州市首家开展儿童新冠疫苗接种咨询的学科。提供新冠疫苗接种评估以及特殊疾病状态的儿童预防疫苗接种的评估。开设感染与免疫门诊，对反复呼吸道感染患儿进行免疫状态的评估。
上海儿童医学中心感染科曹清教授任科室学术主任，科室拥有硕士生导师1名，高级职称3名，博士1名，硕士6名。
（*以上数据统计至2023年11月）
