普外科1995年成立于福建省妇幼保健院，2021年5月整体搬迁至福建省儿童医院，编制床位57张，其中新生儿外科监护床位15张，年出院量近3000人次，手术人次2500台。
科室下设普外科、新生儿外科、肿瘤外科三个专业组。普外专业、新生儿外科专业与福建省妇幼保健院、福建省妇产医院共同构建“三院一体”的诊疗模式，主要深耕先天性巨结肠、胆总管囊肿、胆道闭锁、食道闭锁、肠闭锁、肠旋转不良、膈疝、脐膨出、肛门闭锁等儿童重大疾病，收治的危急重症及IV级手术量逐年增加。肿瘤外科长期与上海儿童医学中心战略合作，近年来持续加强和完善“内外科镶嵌”模式及多学科联合会诊制度(MDT)的诊治模式，实现了恶性实体肿瘤及脉管畸形患儿个体化诊疗。
上海儿童医学中心专家徐敏任科室学术主任，上海儿童医学中心严志龙教授长期往返福建指导临床工作，科室现有医师24名，博士（含在读博士）7名，研究生学历占95.8%，高级职称4名，硕士生导师2名。
（*以上数据统计至2023年11月）
