药剂科下设药房、临床药学室、药学门诊、治疗药物监测室、药学实验室、 药库、药学信息室等12个分组。于2022年4月开设临床药学室,目前共有临床药师4名,开展全院血药浓度监测,门急诊处方、住院医嘱点评,药品不良反应监测及数据上报等药学工作。
上海儿童医学中心先后选派蒋樾廉、姜华主管药师常驻福建任执行主任,科室现有药学专业技术人员24人,硕士8人,本科16人。